Xavier de Lesquen
Avocat – Associé
LACOURTE RAQUIN TATAR
Le régime de préservation des espèces protégées défini à l’article L. 411-1 du code de l’environnement s’impose à tous types de projets, notamment aux travaux d’aménagement et de construction. Sa coordination avec le droit de l’urbanisme est assurée par l’article L. 425- 15 du code de l’urbanisme : le permis de construire ne peut pas être mis en œuvre avant la délivrance de la dérogation qu’elle prévoit, si elle est requise.
D’où la question : quand est-elle requise ?
La réponse est importante pour les porteurs de projet, puisque l’absence de dérogation lorsqu’elle est requise conduit à la méconnaissance des interdictions posées par la loi pour la préservation des espèces protégées, et les expose aux sanctions prévues par la législation, administratives et pénales.
Pour mémoire, l’article L. 411-1 du code de l’environnement prévoit une série d’interdictions, précisées par des arrêtés, portant notamment sur la destruction ou la perturbation intentionnelle des espèces animales protégées, la destruction, la coupe, la mutilation, l’arrachage, la cueillette ou l’enlèvement des espèces végétales protégées et enfin la destruction, l’altération ou la dégradation des habitats naturels ou habitats d’espèces.
Ce régime d’interdiction est assorti d’une faculté de dérogation : c’est la dérogation espèces protégées, codifiée au 4° du I de l’article L. 411-2 du même code[1]. On le sait, son obtention n’est pas facile, car elle est soumise à trois conditions cumulatives, dont la désormais célèbre RIIPM : le projet doit répondre à une « raison impérative d’intérêt public majeur ». Cela veut dire que sa réalisation « doit être d’une importance telle qu’il puisse être mis en balance avec l’objectif de conservation des habitats naturels, de la faune et de la flore sauvage poursuivi par la législation, justifiant ainsi qu’il y soit dérogé »[2]. Par ailleurs, le projet ne doit pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle. Et il ne doit pas exister de solution alternative satisfaisante.
La violation des interdictions de l’article L. 411-1 ou des décisions individuelles prises en application de l’article L. 411-2, dont la dérogation, fait l’objet des dispositions pénales de l’article L. 415-3 du code de l’environnement : elle est punie des peines de trois ans d’emprisonnement et de 150 000 € d’amende lorsque cette violation conduit à « porter atteinte à la conservation » d’espèces animales non domestiques, à l’exception des perturbations intentionnelles, d’espèces végétales non cultivées et d’habitats naturels.
L’absence de la dérogation, lorsqu’elle est requise, est lourde de conséquences. Pourtant, les textes ne définissent pas précisément les cas dans lesquels elle doit être demandée. Ce n’est que par son avis contentieux du 9 décembre 2022, Association Sud-Artois (CE, Section, 463563, au Rec.) que le Conseil d’État a introduit le critère du « risque suffisamment caractérisé ».
La notion de risque s’impose dès lors que le projet n’a pas pour objet même la destruction ou la perturbation de spécimens d’une espèce protégée (comme ce serait le cas par exemple pour des opérations de chasse ou des mesures de protection de troupeaux, également visées par l’article L. 411-1). Le Conseil d’État prend le parti de ne pas exiger la dérogation pour tout projet ne pouvant prétendre, dans la durée, à un « risque zéro » de destruction ou de perturbation d’un spécimen d’une espèce protégée. Il juge en effet que la dérogation n’est requise que si le risque que le projet comporte pour les espèces protégées en cause est « suffisamment caractérisé ». Il en résulte que, si tel n’est pas le cas, le projet ne méconnait pas les interdictions de l’article L. 411-1 alors même que le risque d’atteinte aux espèces n’est pas nul.
Ce critère joue « dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet » : c’est le point de départ de la démarche. Si le projet est soumis à étude d’impact, il conduira nécessairement à une analyse sur la présence d’espèces protégées. Et s’il ne l’est pas, il appartient au porteur de projet de s’assurer que son projet n’est pas susceptible d’affecter des espèces protégées ou leurs habitats.
Le Conseil d’État rappelle également que l’applicabilité du régime de protection ne dépend « à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l’état de conservation des espèces protégées présentes » : il suffit qu’il existe un spécimen dans la zone du projet pour que le régime s’impose, qu’il soit déjà mal en point ou, en sens inverse, que l’espèce soit particulièrement développée à un échelon géographique plus large.
L’avis contentieux précise ensuite que l’ampleur du risque est appréciée après mesures d’évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées proposées : c’est dans l’hypothèse où ces mesures « présentent, sous le contrôle de l’administration, des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu’il apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé, il n’est pas nécessaire de solliciter une dérogation espèces protégées ».
L’avis contentieux n’exige donc pas le « risque zéro » et pose un critère, ce qui est utile pour tenter d’apporter un peu de sécurité juridique. Et ce critère est désormais codifié à l’article L.411-2-1, dans sa rédaction issue de la loi DDADUE du 30 avril 2025[3].
Le critère du risque suffisamment caractérisé, certes précieux, demeurait cependant un brin mystérieux. Pour reprendre la formule du rapporteur public dans l’affaire de Section de 2022, Nicolas Agnoux, « l’appréciation de ce seuil devrait nécessairement demeurer casuistique ».
Trois ans plus tard, la caractérisation du « risque suffisamment caractérisée » s’est un peu précisée.
L’une des difficultés à surmonter réside précisément dans la notion de risque. Les opérateurs sont habitués à la notion d’impact, qui fait l’objet de l’étude d’impact prévue par le code de l’environnement. Sa méthodologie a été définie par l’administration depuis le début des années 2000[4] et précisée récemment, s’agissant de son volet relatif à la faune et à la flore, pour les projets éoliens terrestres[5].
Cette méthodologie repose sur un processus en cinq étapes, qui fait appel à des notions précises :
- Étape 1 : Analyse de l’état initial et donc des enjeux écologiques à l’échelle de l’aire d’étude immédiate, dont les enjeux de conservation des espèces dont la présence est avérée, qui prend en compte les effectifs concernés rapportés à un effectif de référence, la capacité d’auto-régénération, la résilience… ;
- Étape 2 : Identification de la sensibilité des espèces au type d’activité projeté, qui exprime le risque de perdre tout ou une partie de la valeur de leur enjeu du fait du type de projet, eu égard à ses effets potentiels ;
- Étape 3 : Établissement des effets prévisibles réels du projet, eu égard à ses caractéristiques particulières, sur les espèces dont la présence est avérée ;
- Étape 4 : Appréciation de l’impact potentiel brut du projet sur chaque espèce, par croisement des effets prévisibles réels et des enjeux de conservation ;
- Étape 5. Appréciation de l’impact résiduel en tenant compte des mesures d’évitement et de réduction prévues), selon la grille à 5 niveaux (nul/négligeable ; faible ; modéré ; fort ; très fort).
Il est important de retenir que l’évaluation des impacts (ou incidences) sur une espèce déterminée, selon cette méthodologie, résulte du croisement des effets réels du projet sur l’espèce avec le niveau des enjeux de conservation de cette espèce[6]. Ainsi, pour des enjeux modérés, l’impact sera faible, modéré ou fort selon que les effets prévisibles réels du projet sur l’espèce en cause sont respectivement très faibles ou faibles, modérés, forts ou très forts.
Reste à déterminer comment évaluer le risque d’atteinte ?
La jurisprudence des trois dernières années apporte une réponse assez fiable sur ce point : les juges du fond comme le Conseil d’État se réfèrent assez largement à l’impact résiduel pour apprécier le niveau de risque, même si les formulations peuvent varier (risque d’impact résiduel, risque résiduel tel que qualifié par l’étude d’impact…).
En revanche, la démarche du juge sur le contrôle de la nécessité d’une dérogation espèces protégées n’est pas toujours très lisible. Certaines décisions semblent faire une confusion entre enjeux et impacts, en se référant à la notion de niveau d’enjeux après mise en œuvre des mesures de réduction (CAA de Nantes, 29 avril 2025, n°23NT01394). Dans d’autres décisions, le juge paraît survaloriser la prise en compte de la sensibilité (CE, 21 juin 2024, n° 474508) ou des enjeux (CE, 31 décembre 2024, n°466703). On retrouve aussi des cas rares dans lesquels le juge se prononce sur le risque suffisamment caractérisé sans même mentionner le niveau d’impact résiduel (cf. les deux dernières décisions).
Mais de façon générale, les juges se réfèrent à l’impact résiduel du projet tel qu’il est évalué par l’étude d’impact. La CAA de Bordeaux a même adopté une rédaction de principe qui s’y réfère, « eu égard à l’ensemble de ce qui vient d’être dit, compte tenu des enjeux identifiés et des mesures d’évitement et de réduction retenues par le pétitionnaire » (cf. par ex. 8 avr. 2025, n° 23BX01309), que le Conseil d’État a jugé être « sans erreur de droit » (Cf. CE, 12 juillet 2024, n° 464958 ; CE, 18 novembre 2024, n° 487701, aux T).
Par ailleurs, l’analyse de la jurisprudence révèle que la dérogation n’est généralement pas requise en cas d’impact résiduel nul/négligeable ou faible (CE, 20 décembre 2024, n°473862, aux T. ; CE, 7 juin 2024, n° 473434 ; CAA Bordeaux, 22 avril 2025, n°23BX00211 ; CAA Bordeaux, 8 avril 2025, n° 23BX01309). Et elle l’est généralement si l’impact résiduel est modéré ou fort (par ex. CE, 18 novembre 2024, n°487701, aux Tables ; CE, 21 juin 2024, n° 474508).
Cette analyse n’a rien de systématique et l’on trouve des décisions qui ne se réfèrent pas à l’évaluation des impacts résiduels résultant de l’étude d’impact pour répondre aux divers arguments des opposants. Mais la tendance générale de la jurisprudence permet de dégager des lignes de force, qui sont plutôt rassurantes, dès lors qu’elles offrent une visibilité sur l’appréciation du risque suffisamment caractérisé, et donc sur le nécessité de la fameuse et crainte dérogation espèces protégées.
[1] Également transposée de la législation européenne, notamment, art. 16 de la Directive Habitats 92/43/CEE, qui prévoit la faculté de déroger au système de protection stricte des espèces animales et végétales de ses articles 12à 15.
[2] La première décision rendue sur la RIIPM est CE, 25 mai 2018, SAS PCE et autre, n° 413267, aux T., au sujet de projet de centre commercial Val Tolosa près de Toulouse.
[3] Il comporte un nouvel alinéa qui dispose que la dérogation n’est pas requise « lorsqu’un projet comporte des mesures d’évitement et de réduction présentant des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque de destruction ou de perturbation des espèces mentionnées à l’article L. 411-1 au point que ce risque apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé et lorsque ce projet intègre un dispositif de suivi permettant d’évaluer l’efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire pour garantir l’absence d’incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées ».
[4] Il faut citer le Guide établie par le ministère chargé de l’Environnement en 2001, L’étude d’impact sur l’environnement, rédigé par Patrick Michel, d’une grande clarté, en particulier sur les concepts (enjeux, sensibilité effets, impacts) dont ils apportent une définition précise dans son glossaire.
[5] Cf. Guide ministériel relatif à l’élaboration des études d’impacts des projets de parcs éoliens terrestres, octobre 2020.
[6] Les documents ministériels les plus anciens décomposent plus finement l’analyse, en s’appuyant sur la sensibilité. Ainsi le guide de 2000 cité ci-dessus évalue l’impact par « le croisement entre l’effet et la sensibilité du territoire ou de la composante de l’environnement touchés par le projet ». La sensibilité est alors définie comme le croisement de l’enjeu et des effets potentiel du projet. Un enjeu modéré peut conduire à une sensibilité faible, modérée ou forte selon que les effets potentiels (ou effets-type) du projet sur les espèces en cause sont respectivement très faible ou faible, modéré, fort ou très fort.
