François BRAUD
Avocat au Barreau de Paris
Associé
Atmos avocats
La loi sur la protection de la nature date d’il y a bientôt cinquante ans ans et le principe d’interdiction d’atteinte aux espèces protégées nous vient d’un temps que les moins de 20 ans ne peuvent pas connaître[1]. La préoccupation de la protection de la biodiversité est restée longtemps en arrière-plan d’un objectif qui apparaissait plus important : la lutte contre le changement climatique. Les mauvais esprits expliqueront l’avènement plutôt récent du droit de la protection des espèces protégées par l’échec des tentatives pour endiguer le réchauffement climatique. Pour expliquer ce qu’il faut bien appeler désormais la judiciarisation du droit des espèces protégées, les plus optimistes mettront en avant une prise de conscience nouvelle de l’opinion publique, le fruit également de la lente mise en place sur le terrain d’une police de l’environnement dotée de policiers (AFB, OFB,…) et surtout le résultat des efforts en matière d’évaluation environnementale imposée par l’Union européenne qui permet d’identifier effectivement les atteintes aux espèces protégées en amont des projets.
À y regarder de près, le principe d’une protection des espèces protégées s’oppose presque frontalement et systématiquement avec toute action humaine, de sorte que le droit de la protection des espèces protégées est appréhendé sous le prisme de l’analyse des conditions ouvrant droit à la destruction ou à la perturbation de ces espèces.
Les experts les plus pointus y voient l’illustration la plus évidente du passage de l’holocène à l’anthropocène. Les juristes se contenteront de constater le changement de paradigme passant de l’affichage du principe d’interdiction des atteintes aux espèces protégées aussi ambitieux que radical en raison du caractère singulièrement restrictif des conditions exigées pour déroger au principe, à la création d’un droit résiduel à la destruction des espèces protégées qui se développe peu à peu.
Il faut dire que la protection des espèces protégées est devenue en quelques années une véritable boîte de Pandore des contestataires de tout projet d’activité, de construction ou d’aménagement. On ne compte plus les arrêts de chantier comme les abandons de projets justifié par la protection de la biodiversité.
Le caractère essentiellement prétorien d’un droit à la dispense d’autorisation de destruction a offert une certaine souplesse pour certains projets faiblement impactant (I). Manifestement soucieux de refermer plus encore la boîte de Pandore évoquée ci-avant, le législateur a décidé de franchir un nouveau cap en instituant plus qu’une dispense de dérogation : une forme d’autorisation de dispense qui confine à une dérogation à la dérogation… (II).
I. La création prétorienne d’un régime équilibré de dispense de « dérogation espèces protégées »
L’article L. 411-1 du Code de l’environnement interdit de porter atteinte aux espèces protégées d’animaux, de végétaux ainsi que de leurs habitats. Le principe d’interdiction est aussi simple qu’illimitée dans sa portée comme dans son champ d’application a priori. Au regard de la jurisprudence judiciaire et plus particulièrement pénale, la simple perturbation, par l’atteinte à l’habitat naturel d’une espèce protégée, sans même atteindre la mise à mort d’un spécimen d’une espèce protégée, suffit à constituer le délit[2] qui ne peut être évité que par l’obtention préalable d’une dérogation administrative.
Concrètement, dès qu’un projet d’action humaine, soumis ou non à autorisation environnementale ou d’urbanisme, est susceptible de porter atteinte à une espèce protégée faunistique floristique, ainsi qu’à l’habitat naturel de ces espèces protégées, il y a lieu d’obtenir une dérogation en bonne et due forme.
En l’état des textes, il n’existe pas de seuil pour déclencher la nécessité d’obtenir une autorisation de destruction ou « dérogation espèces protégées ». En effet, hormis pour les projets visant à protéger l’environnement et la biodiversité, seul l’article L. 411-2, 4° du même code permet à un porteur de projet de déroger à l’interdiction de porter atteinte aux espèces protégées.
Or, les trois conditions cumulatives à réunir sont très exigeantes et c’est un euphémisme pour la dernière : d’une part, il n’existe pas d’autre solution satisfaisante ; d’autre part, la dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et enfin, le projet a pour objectif de protéger la nature ou répond à une raison impérative d’intérêt public majeur (RIIPM).
En réalité, il est rare qu’aucune autre solution satisfaisante ne puisse être envisagée pour satisfaire la première condition. La deuxième condition tenant au fait de « ne pas nuire au maintien des espèces protégées, dans un état de conservation favorable, dans leur milieu naturelle » n’invite pas à la tolérance. Pour finir, loin de devoir être justifié par un simple motif d’intérêt général ou d’un intérêt public caractérisé, le projet doit pouvoir se prévaloir rien moins que d’une « raison impérative d’intérêt public majeur ». L’extrême lourdeur de la rédaction de cette dernière condition est suffisamment explicite sur le caractère drastiquement restrictif des raisons susceptibles de justifier une autorisation de destruction. Le contentieux sur l’autoroute A 69 illustre très bien la rigueur d’appréciation même si le juge administratif sait néanmoins faire preuve de mobilité intellectuelle en faisant évoluer sa jurisprudence, à l’instar de la reconnaissance récente d’une RIIPM dans la construction de logements sociaux[3].
Concrètement, même certaines actions qui n’impliquent pas intrinsèquement une autorisation administrative spécifique, comme la simple coupe d’un arbre ou encore la suppression d’une cabane de jardin ou d’une petite haie susceptibles d’accueillir des espèces protégées, ne peuvent être réalisées, sans prendre le risque : soit de commettre un délit, soit d’essuyer un refus de dérogation dans la majorité des cas.
C’est donc le juge qui a dans un premier temps pris sur lui de créer un seuil de dispense de « dérogation espèces protégées » afin de ne pas stopper tout projet impliquant une possible atteinte à la biodiversité.
C’est ainsi que la Cour administrative d’appel de Douai[4] a sursis à statuer dans le cadre de l’affaire dite « Sud‑Artois » afin de poser deux questions au Conseil d’État. L’une portait sur le seuil de destruction à partir duquel la dérogation doit être regardée comme étant obligatoire et l’autre sur la prise en compte des actions proposées par le pétitionnaire pour éviter, réduire ou compenser les atteintes portées aux espèces.
Dans son avis du 9 décembre 2022[5], le Conseil d’État a donc révélé le critère selon lequel un projet doit ou non être soumis à dérogation espèces protégées. Tout d’abord, le pétitionnaire doit examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire, dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet. À ce stade, le nombre de ces spécimens ou l’état de conservation des espèces protégées présentes n’est pas à prendre en compte et il suffit d’une interaction pour s’interroger sur la soumission ou non à une demande de dérogation.
Dans cette perspective, il a précisé que le pétitionnaire doit solliciter une « dérogation espèces protégées » uniquement si le risque que le projet comporte pour ces espèces est un « risque suffisamment caractérisé ». C’est ce dernier critère défini par le Conseil d’État qui permet de décider si une dérogation doit ou non être sollicitée. L’autorité administrative – que les textes ne prédisposaient pas à pouvoir dispenser un projet d’une autorisation de destruction d’espèces protégées ou de leurs habitats mais uniquement à accorder ou refuser une telle dérogation – peut donc être valablement saisie afin d’obtenir une dispense.
Le Conseil d’État a ainsi créé un véritable dispositif de « dispense de dérogation espèces protégées », reléguant la nécessité de solliciter une dérogation aux seuls projets présentant un « risque suffisamment caractérisé ».
Ce faisant, il n’a pas retenu de critère formel ou fonctionnel mais un critère opérationnel. Certes, son contenu et ses contours restent flous en attendant que la jurisprudence les précise au fil du temps, mais le Conseil d’État a privilégié une approche au cas par cas pour apprécier la possibilité d’une dispense. Pour améliorer la sécurité juridique dans l’application de ce nouveau critère mais également fermer la porte à des projets d’envergure, il a pris soin d’encadrer cette possibilité de dispense en précisant et limitant les paramètres à prendre en considération pour se prononcer. Il a ainsi opéré une distinction claire parmi les mesures favorables présentées par le porteur de projet de nature à réduire la caractérisation d’un risque pour les espèces protégées.
Conformément aux textes, pour analyser la possibilité d’obtenir une dérogation espèces protégées, outre la satisfaction des conditions de RIIPM et d’absence de solution alternative, toutes les mesures d’évitement, de réduction et de compensation (dites ERC) doivent être prises en considération et jaugées, voire complétées.
Cependant, pour dispenser un projet de toute demande de dérogation, seules les mesures d’évitement et de réduction annoncées par le porteur de projet peuvent être prises en compte. Inutile donc de proposer des mesures de compensation pour tenter d’éviter la procédure de dérogation.
Il en résulte donc un régime de dispense qui ne peut trouver à s’appliquer qu’à des projets d’envergure relativement modérée. En effet, tout projet nécessitant des mesures actives ou dispositifs aventureux de protection des espèces protégées ne peut, par un tel biais, s’affranchir des exigences légales en matière de protection de la biodiversité.
Si la haute juridiction administrative a mis au point un régime de dispense équilibré, en commençant à préciser ce caractère mesuré par ses jurisprudences successives[6], le législateur est récemment venu troubler cette œuvre prétorienne en rompant le délicat équilibre trouvé pour avancer en réalité vers une remise en cause du dispositif légal de la « dérogation espèces protégées ».
II. Le législateur ajoute de la confusion à l’ambiguïté en créant un régime élargi de dispense de « dérogation espèces protégées » concurrent du dispositif de « dérogation espèces protégées »
Après l’effort consenti par le Conseil d’État pour réduire les effets paralysant des conditions rigoureuses d’obtention d’une « dérogation espèces protégées », le législateur a fini par consacrer le dispositif jurisprudentiel précité, aux termes du code de l’environnement, tout en l’élargissant sans grande modération.
Dans un premier temps et de façon plus sectorielle pour les éoliennes en particulier, le législateur s’est attaqué à la condition d’une RIIPM rarement reconnue aux projets d’énergies renouvelables « qui ne sont pas de taille importante »[7].
Aux termes de la loi relative à l’accélération de la production d’énergies renouvelables (loi dite « APER ») du 10 mars 2023[8], une « présomption » de RIIPM[9] a été introduite pour les projets d’installations de production d’énergies renouvelables ou de stockage d’énergie dans le système électrique[10] afin de « clarifier dans la loi la reconnaissance automatique de la RIIPM pour les projets d’énergie renouvelable respectant certaines conditions techniques ».[11]
Force est de constater que la Haute juridiction administrative n’a pas été convaincue par cette tentative en n’hésitant pas à juger, pour certains commentateurs de façon contra legem, que la contribution modeste d’un projet de parc éolien à la politique énergétique, dans un département qui ne souffre d’aucune fragilité d’approvisionnement électrique et compte déjà un grand nombre de parcs éoliens, n’était pas susceptible de revêtir une RIIPM[12].
Pour contourner ce type d’interprétation jurisprudentielle non désirée, le législateur a de nouveau innové avec la loi Industrie verte[13]en introduisant la possibilité de qualifier de « projet d’intérêt national majeur » (PINM) les projets industriels revêtant, eu égard à leur objet et à leur envergure, notamment en termes d’investissement et d’emploi, une importance particulière pour la transition écologique ou la souveraineté nationale[14]. L’article L. 411-2-1 du Code de l’environnement[15] a été modifié et prévoit désormais que le décret qualifiant un projet industriel de projet d’intérêt national majeur[16] peut lui reconnaître le caractère de projet répondant à une RIIPM. La contestation de cette reconnaissance est strictement encadrée et ne peut avoir lieu qu’à l’occasion d’un recours dirigé contre ledit décret. Elle ne peut donc être contestée à l’appui d’un recours dirigé contre l’acte accordant ensuite la « dérogation espèces protégées » de façon effective.
Ainsi, des porteurs de projet d’énergies renouvelables pourraient désormais faire les démarches nécessaires pour bénéficier d’une reconnaissance anticipée de RIIPM par décret afin de faciliter par la suite l’obtention d’une « dérogation espèces protégées » et sécuriser leurs projets juridiquement.
Les acteurs concernés resteront néanmoins sur leur garde quant à la portée de cette avancée législative au regard du sort déjà infligé à la présomption de RIIPM pour les projets de production d’énergies renouvelables mais également au regard des difficultés pour le législateur de sauver le projet d’autoroute A 69 en lui accordant une autorisation par la loi, la Cour Administrative d’Appel ayant été plus rapide et efficace de ce point de vue[17].
Ce n’est que dans un second temps que le législateur a décidé de consacrer le dispositif jurisprudentiel de la dispense de « dérogation espèces protégées », avec beaucoup moins de mesure que le Conseil d’État. La loi dite DDADUE du 30 avril 2025[18] a ainsi repris le critère du « risque suffisamment caractérisé » à l’article L. 411-2-1 du Code de l’environnement[19] pour institutionnaliser la possibilité d’une dispense dans le cas où le risque pour les espèces protégées ne serait pas suffisamment caractérisé.
Cependant, le législateur ne s’est pas contenté de reprendre strictement l’avis « Sud-Artois » rendu par le Conseil d’État rappelé ci-dessus. Alors que ce dernier avait pris le soin de distinguer ce qui relevait de l’appréciation de l’obtention de la dérogation (toutes les mesures ERC sont étudiées et certaines peuvent être prescrites par l’autorité administrative) d’une part, des conditions de dispense de dérogation (mesures ER uniquement parmi les mesures ERC) d’autre part, le législateur a opéré une confusion troublante, au point de permettre une remise en cause de la nécessité d’obtenir une dérogation espèces protégées pour des grands projets en prenant en considération d’autres mesures…
Désormais, lors de la phase d’analyse d’une éventuelle dispense d’un dépôt ou non d’une demande de « dérogation espèces protégées », l’autorité administrative pourra[20] non seulement tenir compte des mesures d’évitement et de réduction présentées par le porteur de projet pour atténuer les risques mais également intégrer son « dispositif de suivi » de ces mesures ainsi que « toute mesure supplémentaire nécessaire pour garantir l’absence d’incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées ».
De là à prendre en compte les mesures de compensation présentées par le pétitionnaire, jusqu’alors exclues par le Conseil d’État lors de la première phase de dispense possible, il n’y a qu’un pas aisé à franchir.
In fine, il n’est pas difficile d’interpréter les nouvelles dispositions comme permettant de dispenser un projet de toute demande de dérogation, non seulement au vu de ses mesures d’évitement et de réduction mais également en tenant compte des modalités de suivi de ces mesures et plus encore en intégrant d’éventuelles mesures de compensation.
Autrement posé, cela signifie qu’un projet pourrait être dispensé d’obtenir une dérogation sous réserve de contrôler a posteriori non seulement le suivi des mesures d’évitement et de réduction mais également de toute mesure active visant à réduire les risques pour les espèces protégées, c’est-à-dire des mesures de compensation.
Intégrer des mesures de compensation pour justifier une dispense de dérogation implique inéluctablement qu’un projet d’une certaine envergure puisse bénéficier d’une dispense, altérant ainsi l’objectif d’équilibre et de mesure poursuivi par le Conseil d’État à l’occasion de son avis « Sud-Artois ».
Intégrer un dispositif de suivi de ces mesures ne revient-il pas en réalité à se placer sous le régime d’une autorisation contrôlée par l’administration ? Cette dernière devra alors se mettre en mesure de s’assurer de l’effectivité de leur mise en place… De façon caricaturale, le législateur pourrait ainsi avoir créer un nouveau dispositif d’autorisation de dispense de « dérogation espèces protégées », évitant ainsi la condition d’une RIIPM si délicate à satisfaire.
Opportunité pour certains, régression de la protection de l’environnement pour d’autres, il reviendra une fois de plus au pouvoir judiciaire d’assurer le délicat équilibre entre protection de la biodiversité et développement économique.
[1] Directive dite « Habitats » n°92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992 et Directive dite « Oiseau » n°2009/147
[2] Article L. 415-3, 1° c) du Code de l’environnement.
[3] CE, 29 janvier 2025, n° 489718.
[4] CAA de Douai, 27 avril 2022, n°20DA01392, Inédit au recueil Lebon.
[5] CE, avis, 9 décembre 2022, n°463563.
[6] CE, 6 décembre 2023, n°466696 ; CE, 14 février 2024, n°471197 ; CE, 30 mai 2024, n°474077 ; CE, 6 novembre 2024, n°471372.
[7] Voir en ce sens l’étude d’impact du projet de loi APER.
[8] Loi n°2023-175 du 10 mars 2023 relative à l’accélération de la production d’énergies renouvelables.
[9] Article L. 411-2-1 du Code de l’environnement.
[10] De même, à la suite de la loi n°2023-491 du 22 juin 2023 relative à l’accélération des procédures liées à la construction de nouvelles installations nucléaires à proximité de sites nucléaires existants et au fonctionnement des installations existantes, les projets de réalisation d’un réacteur électronucléaire ou d’installation d’entreposage de combustibles nucléaires peuvent également répondre à une RIIPM ; voir article R. 411-6-1 du Code de l’environnement.
[11] Extrait de l’étude d’impact du projet de loi APER concernant la création de l’article L. 411-2-1 du Code de l’environnement par la loi.
[12] CE, 18 avril 2024, n°471141 ; voir également en ce sens : CE, 9 septembre 2024, n°475241.
[13] Loi n° 2023-973 du 23 octobre 2023 relative à l’industrie verte.
[14] Voir en ce sens les nouvelles dispositions de l’article L. 300-6-2 du Code de l’urbanisme.
[15] Le Conseil Constitutionnel a récemment validé la rédaction du second alinéa de l’article L. 411-2-1 du Code de l’environnement, prévoyant une reconnaissance de RIIPM pour les PINM (Décision n° 2024-1126 QPC du 5 mars 2025).
[16] À ce jour, plusieurs projets ont été qualifiés de PINM répondant à une raison impérative d’intérêt public majeur (décret n°2024-676 du 3 juillet 2024 qualifiant de projet d’intérêt national majeur l’unité de fabrication de cellules et modules photovoltaïques de la société Holosolis à Hambach ; décret n°2024-708 du 5 juillet 2024 qualifiant de projet d’intérêt national majeur l’usine de recyclage moléculaire des plastiques de la société Eastman à Saint Jean-de-Folleville ; décret n°2024-709 du 5 juillet 2024 qualifiant de projet d’intérêt national majeur l’usine de production de minerai de fer réduit et d’hydrogène de la société Gravithy à Fos-sur-Mer ; etc.).
[17] CAA Toulouse, 28 mai 2025, n°25TL00597 et s.
[18] Loi n°2025-391 du 30 avril 2025 portant diverses dispositions d’adaptation au droit de l’Union européenne en matière économique, financière, environnementale, énergétique, de transport, de santé et de circulation des personnes.
[19] Le Conseil constitutionnel a jugé que l’article 23 de la loi « DDADUE », qui insère un nouvel alinéa au sein de l’article L. 411-2-1 du Code de l’environnement, a été adopté selon une procédure conforme à la Constitution (Conseil constitutionnel, 29 avril 2025, n°2025-879 DC).
[20] « La dérogation mentionnée au 4° du I de l’article L. 411-2 n’est pas requise lorsqu’un projet comporte des mesures d’évitement et de réduction présentant des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque de destruction ou de perturbation des espèces mentionnées à l’article L. 411-1 au point que ce risque apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé et lorsque ce projet intègre un dispositif de suivi permettant d’évaluer l’efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire pour garantir l’absence d’incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées »
